تحوّل فرع المعلومات في قوى الأمن الداخلي محط شكوى لدى عدد كبير من القضاة من مختلف الاتجاهات. المحقق العدلي المكفوفة يده في ملف تفجير المرفأ القاضي طارق البيطار، اتهم الفرع بمراقبته على مدار الساعة، وتسجيل كل من يتواصل معه ومن يدخل إلى منزله أو يخرج منه. وقال مقربون من البيطار إنه طلب حماية الجيش اللبناني لأنه لم يعد يثق ببقية الأجهزة الأمنية، بعد خبرته مع هذه الأجهزة خصوصاً في ملف المرفأ.وكان الفرع أيضاً محل شكوى جهات قضائية على صلة بملف حاكم مصرف لبنان رياض سلامة. ففي حزيران 2021، أوقفت مساعدة الحاكم ماريان الحويِّك لدى عودتها من الخارج، وبعد دهم منزِلها ومكتبِها ومصادرة أجهزتها الإلكترونية سُلّمت المضبوطات إلى القاضي جان طنوس الذي طلب من «المعلومات» تفريغ الأجهزة من محتواها، وإعداد تقرير بالموجودات في الحواسيب، نظراً لامتلاكه تقنيات متقدمة حصل عليها من دول غربية بارزة، ولقدرة فريقه الفني على فك شيفرة الملفات التقنية. وبعدما أبقى الفرع الأجهزة في حوزته لنحو سنة، أعادها إلى طنوس بناء على طلب الأخير، ولكن من دون محتواها، ومن دون أن يُعرف سبب امتناع الفرع عن القيام بعمله.
وأخيراً، وُجهت إلى الفرع اتهامات بتسريب ملف خاص بزوجة مرجع قضائي إلى مقدم برنامج شعبوي في قناة «mtv»، إلا أن اتصالات مكثّفة أدت إلى تراجع إدارة القناة عن عرض الملف.
من جهة أخرى، علم أن فرع المعلومات يعد لإطلاق تحقيقات تتعلق بموظفين رسميين في مطار بيروت الدولي، بمن فيهم عناصر في الأسلاك العسكرية، في سياق مكافحة تهريب البضائع الممنوعة والمتورطين فيه. وهذا الملف الثالث في هذا السياق بعد ملفي النافعة والدوائر العقارية، وسط شكوك بأن ربما يستغل التحقيقات للحصول على داتا كاملة من هذه المؤسسات تخص اللبنانيين جميعاً، ولا يفترض بجهاز أمني أن يستولي عليها كاملة، وإنما الحصول على ما يحتاجه وما يتعلق بالتحقيق فقط.
في المقابل، تنفي مصادر في قوى الأمن الداخلي هذه الاتهامات، وتؤكد أن مروّجيها يتبعون لجهات تحاول النيل من فرع المعلومات وقوى الأمن الداخلي، بعد الدور الكبير للفرع في حماية الأمن. ولفتت إلى أن الفرع يعمل كضابطة عدلية بإمرة النيابة العامة التمييزية، ولا يبادر إلى أي إجراء من دون إذن قضائي.
وعن مصير أحد الموقوفين بشبهة التعامل مع العدو الإسرائيلي والذي تردد أنه قريب من فرع المعلومات أو من العاملين فيه، أوضحت المصادر أن الموقوف من البقاع الشمالي، وهو رب لعائلة أحد أفرادها ضابط في قوى الأمن الداخلي، والآخر عسكري يعمل في فرقة الحماية الخاصة برئيس الفرع العميد خالد حمود ويرافق أفراد عائلته. وأكدت المصادر أن الفرع سلم الموقوف مع ملفه إلى القضاء العسكري المختص، وأن التحقيقات أظهرت عدم وجود أي علاقة عمل بينه وبين ابنيه.