لم تنتهِ تحقيقات مديرية المخابرات في الجيش لكشف ملابسات جريمة الطيونة، ولا سيما بعدما أظهرت تسجيلات صُوّرت بهواتف عدد من الشبان جنوداً في الجيش يُطلقون النار على متظاهرين. ورغم أنّ البعض قد يُبرّر للجيش إطلاق النار على من كان يحمل السلاح ويُطلق الرصاص باتجاه عين الرمانة ويعتدي على مبانٍ سكنية، إلا أنّ أحد الفيديوهات أظهر عسكرياً يُطلق النار على متظاهر أعزل ويُرديه، ما دفع بمديرية التوجيه إلى إصدار بيان أعلنت فيه أنّ العسكري يخضع للتحقيق.وبجسب معلومات أوّلية فإنّ نحو ثلاثة من الضحايا على الأقل قضوا برصاص الجيش. وبعد جمع داتا كاميرات المراقبة في مكان الجريمة وداتا كاميرا تكشف «زاروب الفرير» حيث اندلعت الاشتباكات، يعكف المحققون على تحليل مضمون الكاميرات واستجواب العسكريين والموقوفين الذين شاركوا في إطلاق النار.
التحقيق في جريمة الطيونة ينقسم إلى قسمين: الأول في مرحلة ما قبل حصول إطلاق النار وإجراءات الجيش على طول خط التماس في الطريق إلى العدلية، والسبب الذي دفع المؤسسة العسكرية، أو الضابط المسؤول، إلى خفض عدد العناصر على مدخل «زاروب الفرير»، في النقطة التي وقعت فيها الواقعة، ولا سيما أنّ مسؤولية الجيش هي الأمن الوقائي الاستباقي للحؤول دون وقوع جريمة متوقّعة. وكذلك التحقيق في السبب الذي دفع المتظاهرين للدخول إلى الزاروب والاشتباك مع الشبان الموجودين هناك، وما إذا كان ذلك قد حصل نتيجة استدراج مقصود إلى كمين معدّ مسبقاً أم كان وليد اللحظة، ولا سيما في ظل معطيات ومعلومات أمنية عن قيام حزب القوات اللبنانية، في الليلة التي سبقت التظاهرة، بنقل مسلّحين إلى الأشرفية وعين الرمّانة، علماً أنّ التظاهرة مرّت من أمام زواريب تشكّل «خطوط التماس» المعتادة، من دون أن يحصل أي اصطدام.
أما المرحلة الثانية للتحقيق، فتبدأ من لحظة بدء إطلاق النار لكشف من أطلق الرصاصة الأولى وكيفية تعامل العسكريين على الأرض في ظل الهرج والمرج. وذلك يفرض البحث في الإهمال وتحميل الضباط المعنيين المسؤولية في ظل علمهم المسبق بأنّ التوتّر قد يؤدي إلى اشتباك يسقط فيه ضحايا، ورغم ذلك أهملوا القيام بواجبهم واستهانوا بالإجراءات الأمنية، ما أدى إلى وقوع سبع ضحايا وعشرات الجرحى. وهذا يعني قبول الضباط المعنيين بالمخاطرة التي سقط بموجبها عدد كبير من الضحايا ومسّت بالأمن القومي للبلاد وكادت تكون شرارة لاندلاع حرب أهلية جديدة.
وتتبادل الاجهزة الامنية روايات عدة حول السبب الرئيسي وراء اطلاق النار، منها ان المتظاهرين اقتربوا من المباني في شارع لور مغيزل (زاروب الفرير) قبل عشرات الأمتار من مستديرة العدلية، وأطلقوا هتافات وشتائم وعبارات طائفية وبعضهم اطلق النار من مسدسات فرد عناصر القوات باطلاق النار. فيما تشير رواية ثانية إلى أنّه أثناء مرور المتظاهرين بدأ عدد من انصار القوات اللبنانية بتوجيه إشارات نابية إليهم ورشقهم بالحجارة، فردّ المتظاهرون برمي الحجارة وبالهجوم على الشارع. في هذه الأثناء، تُظهر إحدى الكاميرات سقوط شاب من آل مشيك جراء إصابته برصاصة في وجهه، ترجّح المصادر الأمنية أن تكون رصاصة قنص لأنه لم يسبقها أي رشق ناري، ليرتفع بعدها عدد المصابين. ويقول اصحاب هذه الرواية ان هذه المواجهة الاولى ادت الى مقتل ثلاثة أشخاص برصاص مسلحي القوات، متحدثة عن تدقيق في ما اذا كان الثلاثة الاخرون قتلوا جميعا برصاص الجيش او من قناصين.